В своем письме Лебедев выразил благодарность всем, кто поддержал защитников "узников дела "ЮКОСа" и других политзаключенных. Как он отметил, это особенно важно в условиях разгула "управляемой суверенной демократии, когда преследования ежедневно обрушиваются на честных людей".
Он также прокомментировал новые обвинения, предъявленные Генпрокуратурой ему и Михаилу Ходорковскому: "Даже не знакомому с финансами человеку очевидно, что считать практически всю добытую нефть компанией "ЮКОС" – хищением, а благотворительные пожертвования – "отмыванием", это такой же бред, как сумма в 60 триллионов долларов США, опубликованная на веб-сайте Генпрокуратуры". По его мнению, такие обвинения может выдвигать только власть, "опьяненная своей преступной безнаказанностью".
Лебедев призвал к объединению всех честных, свободных людей, осознавших свое гражданское достоинство. "Каждый такой человек – защитник свободы и чести России, такой же защитник, как солдат 41-го года, как кристалл в растворе, он организует вокруг себя сопротивление".
В мае 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского и бывшего руководителя МФО "МЕНАТЕП" Платона Лебедева виновными в уклонении от уплаты налогов и мошенничестве в крупном размере и приговорил к девяти годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима.
5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву предъявили новые обвинения по двум статьям - "Легализация денежных средств" и "Присвоение или растрата имущества".
5 марта Басманный суд Москвы приговорил двух бывших руководителей подконтрольных "ЮКОСу" компаний Владимира Малаховского и Владимира Переверзина к 12 и 11 годам лишения свободы соответственно за хищение 13 млрд долларов. Гособвинитель просил назначить обоим подсудимым наказание в виде 11 лет лишения свободы. Малаховскому суд назначил наказание выше чем то, о котором просил прокурор. Прокурор заявил, что "удовлетворен приговором".